药店是否可以起名为“医药有限公司”取决于多个因素，包括国家市场监督管理总局发布的《企业名称登记管理规定实施办法》以及相关的药品经营和使用质量监督管理办法。
首先，根据《企业名称登记管理规定实施办法》（），企业名称一般由行政区划名称、字号、行业或者经营特点、组织形式组成，并依次排列。药店作为药品零售企业，其名称中的行业或者经营特点应当反映其主营业务，即药品零售。因此，如果药店的业务范围不仅限于药品零售，还包括其他医药相关业务，那么使用“医药有限公司”作为企业名称是合理的。
其次，药品零售企业在申请药品经营许可证时，需要满足《药品经营和使用质量监督管理办法》（）中规定的条件，包括具备相应的质量管理机构和人员、药师或其他药学技术人员、仓库和营业场所等。这些条件确保了药店具备合法经营药品的资格。
此外，药店的名称还应当遵守《药品经营和使用质量监督管理办法》中的规定，不得包含可能使公众误以为是其他组织形式的字样，如“中国”、“中华”、“全国”、“国家”等，除非符合特定的条件和经过严格的审核（）。